Različne metode sterilizacije so izbrane na podlagi različnih zmogljivosti endoskopskih instrumentov in njihovih sestavnih delov ter ustreznih informacij, ki jih zagotovi proizvajalec instrumentov. ,
1. Visokotlačna sterilizacija s paro: vse endoskopske kirurške instrumente, ki jih je mogoče avtoklavirati, je treba sterilizirati z visokim pritiskom.
2. Etilen oksid: Etilen oksid ima močno sterilizacijsko moč, široko razširjeno sterilizacijo, ne poškoduje predmetov in ima močno prodorno moč. Za sterilizacijo endoskopskih leč, kamer, svetlobnih žarkov, elektrokoagulacijskih žic itd. ni primerno uporabljati pare pod visokim pritiskom. S to metodo je mogoče sterilizirati vse.
3. 2% namakanje z glutaraldehidom: uporablja se za potopno sterilizacijo endoskopskih instrumentov. Treba ga je namakati 10 ur. Med namakanjem je treba sklepe instrumenta odpreti in lumen napolniti z namakalno tekočino. Preostanek zdravilne raztopine je treba pred uporabo večkrat sprati s sterilno vodo.
4. Sterilizacija z medicinskim sterilizatorjem.
