Za medicinske instrumente, ki se uporabljajo v kirurgiji, obstajata dve metodi sterilizacije, in sicer visokotemperaturna sterilizacija in nizkotemperaturna sterilizacija.
1. Metoda visokotemperaturne sterilizacije je uporaba visoke toplote za denaturacijo mikrobnih beljakovin, da se doseže namen ubijanja bakterij. Klinično se najpogosteje uporablja, običajno pa se uporablja sterilizacija s paro pod pritiskom, ki je primerna za instrumente in izdelke, ki lahko prenesejo visoko vlažnost in vročino. Obstaja tudi hitra sterilizacija s paro, ki se lahko uporablja za gole instrumente in predmete.
Drugič, nizkotemperaturna sterilizacija, pogosto z uporabo sterilizacije z etilen oksidom. Najbolj klinična uporaba, prednost je, da ne poškoduje steriliziranih predmetov, ima močno prodorno moč in ima dober učinek ubijanja mikroorganizmov. Parna sterilizacija s formaldehidom pri nizki temperaturi se lahko uporablja za medicinske pripomočke, ki ne prenesejo visokih temperatur.
